أقامت الكنيسة- ممثلة في المجلس الملي السكندري، و"كميل صديق" و"نادر مرقص" عضوي المجلس، وأسر الشهداء والمصابين، والمركز المصرى للدراسات الإنمائية وحقوق الإنسان- دعوى قضائية تحمل رقم (1066) لسنة 2011، تنظرها محكمة "الإسكندرية" يوم 25/9/2011، ضد كل من: "عصام شرف" رئيس الوزراء، و"منصور العيسوي" وزير الداخلية، و"عبد المجيد محمود" النائب العام، إتهمتهم فيها بالتباطؤ في تحقيقات ملف "القديسين"، خاصةً بعد البلاغات العديدة والشكاوى التي قدَّمتها الكنيسة عن أسر الشهداء والمصابين من خلال محاميها "جوزيف ملاك"، والتي تضمَّنت بلاغًا للنائب العام حمل رقم (7870) لسنة 2011، والعديد من الشكاوى التي تم تقديمها للمجلس العسكري، آخرها الشكوى المقدَّمة يوم الاثنين 5/9/2011، والتي سُلمت لقائد المنطقة الشمالية العسكرية بـ"الإسكندرية"، وتم إرسالها بالبريد للسيد المشير "محمد حسين طنطاوي"، للمطالبة بسرعة استكمال التحقيقات في ملف القديسين الأصلي، ومخاطبة الجهات المعنية لعدم تجاهل الملف، خاصةً وزارة الداخلية، لسرعة إرسال التحريات الخاصة بالملف.
وتناولت صحيفة الدعوى أحداث الكنيسة وبشاعتها، والتعامل الأمني معها، وكيف خدع الأمن الجميع ببيانات غير صحيحة. بالإضافة إلى قرار النائب العام بحظر النشر لمصلحة التحقيقات، موضحةً أن الثورة المصرية المجيدة أعطت الأمل في كل شىء، حتى أنهم اعتقدوا أن التحقيقات ستكتمل بعد الثورة، وانتظر أهالي الضحايا المجلس العسكري ليأخذ لهم القصاص العادل ممن كانوا وراء هذا العمل الإرهابي الذي راح ضحيته 21 ضحية وخلَّف ورائه أكثر من مائة مصاب بعاهات مستديمة وتحت العلاج حتى الآن.
وطالبت الدعوى النائب العام بصفته، باتخاذ إجراءات حازمة وعاجلة في ملف القديسين، وسرعة إصدار أوامره لوزارة الداخلية لإجراء التحريات المطلوبة في الملف، وتقديم المتَّهمين الذين تكشف عنهم التحريات، واستكمال البلاغ (7870) بالأمر بمثول "حبيب العادلي" وسؤاله عن الملف الأصلي والإتهام الموجه إليه بالإهمال، ومطالبته بالكشف عن آليات وأسباب صدور قرار الإفراج عن المتَّهمين المشتبه فيهم في هذا الحادث، وإلغاء قرار حظر النشر رسميًا، والإعلان عما وصلت إليه التحقيقات في هذا الملف، وإعداد تقرير عن الحادث وآلياته وكيفية حدوثه وما ورد به من تقارير فنية، ومطالبة رئيس الوزراء بصفته الرئيس الأعلى لكافة الوزراء، بإصدار قرارات عاجلة للسيد وزير الداخلية بسرعة تنفيذ قرارات النيابة العامة بتقديم التحريات اللازمة لهذا الحادث، وتقديم المتهمين الذين تكشف عنهم التحريات على وجه السرعة للنيابة المختصة.